Dwadzieścia dwa lata temu tajemnicze trzęsienie ziemi wstrząsnęło dzielnicą Jokohama, unosząc ją o mile w górę i skutecznie izolując od reszty Japonii. W kolejnych latach niewielka liczba nowo narodzonych dzieci w tym powstającym świecie zaczęła rozwijać nadzwyczajne zdolności, z których każda była unikalna dla jej posiadacza. Ci zmodyfikowani ludzie stali się znani jako Alterzy i to oni zamienili dawną Jokohamę w chaotyczną pustynię. Teraz, gdy dawna metropolia nadal się odbudowuje, Alterzy podzielili się na dwie frakcje: tych, którzy dołączyli do HOLY, dogmatycznej organizacji dążącej do przywrócenia porządku i moralności, oraz tych, którzy pragną podporządkować sobie stosunkowo słabszych ludzi. Tylko Kazuma, potężny Alter, który przede wszystkim dba o siebie i sierotę o imieniu Kanami, stoi między nimi. Nie ufa żadnej ze stron i nie zdaje sobie sprawy, że może posiadać klucz do harmonijnego współistnienia.