Druga seria opowiada o wydarzeniach z drugiej gry wideo, koncentrując się na zaginionym kontynencie Mu. Ta starożytna cywilizacja zniknęła wieki temu, a jedynie kilka jej pozostałości przetrwało w postaci mitów i legend znanych jako UMA (niezidentyfikowane formy życia). UMA zaczynają łączyć się z ludźmi, aby szukać skarbu Mu – potężnych ooparts – które dadzą im moc przywrócenia Mu. Po spotkaniu z kilkoma nietypowymi wrogami Subaru i War-Rock spotykają profesora o imieniu Doktor Orihime, który wysyła ich w misję znalezienia ooparts i powstrzymania UMA. Dzięki ooparts Rockman może przybierać nowe formy, w tym Thunder Berserk, Fire Dinosaur i Green Shinobi.