Daimon Kaito, maniak zagadek, całe życie jest obsesyjnie skupiony na rozwiązywaniu łamigłówek, zagadek i łamigłówek logicznych. Uczy się w prestiżowej Akademii Root wraz z Nonoha, choć większość czasu spędza na tworzeniu i rozwiązywaniu zagadek. Kaito jest jednym z nielicznych genialnych nastolatków w szkole, którzy otrzymali tytuł Einsteina, dołączając do innych równie utalentowanych kolegów z klasy, którzy noszą tytuły Galileusza, Edisona i Leonarda da Vinci. Razem próbują rozwiązać zagadkę, która pozostała nierozwiązana od czasu jej powstania setki lat temu. Jednakże genialni studenci szybko uświadamiają sobie, że za niemożliwą zagadką kryją się niebezpieczne siły.