Daimon Kaito to uczeń liceum, który jest pasjonatem zagadek. Pewnego dnia przewodnicząca rady ucznii wręcza mu urządzenie mobilne, które prowadzi go do podziemnych ruin ukrytych pod szkołą. Razem ze swoją dziewczyną Nonoha podejmuje się rozwiązania „nierozwiązywalnej zagadki” ukrytej w ruinach, by odkryć, że jest to niebezpieczna „Zagadka Mędrcza”, stworzona przez tajną grupę „POG”. Mimo że udaje mu się ją rozwiązać, to zwycięstwo oznacza początek walki zagadek z POG.