Pewnego dnia Kei Kusanagi zauważa dziwną, świecącą kobietę nad jeziorem. Okazuje się, że jest to obca oficerka z Galaktycznej Federacji o imieniu Mizuho Kazami, a co więcej — jest ona także jego nauczycielką! Pomimo tej przeszkody, on i jego nauczycielka stopniowo poznają się lepiej, a między nimi rodzi się romans. Jednak wkrótce dyrektor szkoły dowiaduje się o ich związku. Jakie jest rozwiązanie? Zawarcie małżeństwa! Wspólnie nowożeńcy muszą utrzymywać swoje małżeństwo w tajemnicy, nie tylko przed przyjaciółmi Kei ze szkoły średniej, ale także przed Galaktyczną Federacją. Onegai☆Teacher to krucha, ale komediowa historia miłości obcej i jej ucznia.