Yuuko Konagai, przeciętna uczennica liceum, jest dość nieśmiała i niezręczna w kontaktach społecznych. Z tego powodu osiąga przeciętne wyniki w nauce i ma ledwie kilku znajomych w swojej klasie. Jednak po monotonnym dniu w szkole wraca do długo wyczekiwanego azylu – domu ze swoimi kotami Maa, Shi i Ro! Dzięki swoim unikalnym charakterom, te trzy stworzenia mają ciała podobne do ludzkich, zachowując zdolność mówienia i komunikacji. Codziennie urocza trójka czeka na powrót swojej właścicielki, aby obdarzyć ją tak potrzebną towarzyskością. Nyanko Days przedstawia życie Yuuko i jej kotów, które rozjaśniają każdy moment i nawiązują nowe przyjaźnie w mijających dniach.