Podczas powrotu do domu z pracy dorywczej Yuuya Amane odkrywa w pudle dwa małe, urocze stworzenia szukające właściciela. Stworzenia te są znane jako „Nukos” – koty, które ewoluowały, aby posiadać cechy bliższe tym ludzkim. W związku z tym potrafią mówić i odczuwać ludzkie emocje, pozostając jednocześnie wiernymi swoim kocim instynktom. Zafascynowany ich naturą i jednocześnie przyciągany przez nie, Yuuya przyjmuje dwa Nukos pod swoją opiekę i udziela im schronienia w swoim domu. Urocza i wzruszająca, Nukozuke! przedstawia codzienne życie Yuuyi i jego dwóch Nukos: Kei, trójkolorowego Nuko, który zachowuje się dojrzałe, mimo że często mylony jest z dziewczyną, oraz Sasame, czarnego Nuko, który jest młodszym z pary.