Akcja toczy się w okresie Sengoku. Rantarou, Kirimaru i Shinbei to młodzi uczniowie Akademii Ninjutsu, szkoły uczącej młodzież sztuki bycia ninja. Główna trójka, znana jako „Nintamas” (skrócony zapis od ninja + tama [jajko]), wraz z wieloma innymi uczniami musi opanować różnorodne umiejętności, aby osiągnąć swój cel. Niestety, sprawy nie są takie proste, ponieważ nasi bohaterowie nieustannie kończą na nieudanych zajęciach. Wraz z rygorystycznymi nauczycielami ninja, takimi jak Doi-sensei i Yamada-sensei, psotnymi dziewczętami z klasy Kunoichi, całą załogą piratów i dziesiątkami innych ciekawych postaci, w szalonym świecie Nintama może wydarzyć się wszystko. Każdy odcinek trwa 7 minut i 30 sekund, a każdy sezon (ich jest obecnie 29) zazwyczaj obejmuje zakres od 60 do 90 odcinków.