Zwykła rodzina Sanyo otrzymuje nieoczekiwane zaskoczenie w postaci nowego lokatora: Hattori, chłopca-nindzji, który zstąpił z gór Iga, aby uczęszczać do zwykłej szkoły. Po zaprzyjaźnieniu się z Kenichim Sanyo, który ma ten sam wiek, Hattori zaczyna uczęszczać do szkoły w ukryciu, czasem w towarzystwie swojego brata Shinzo, nindzja-psa Shishimaru oraz dziewczyny Kenichia, Yumeko. Grupie zagraża również rywalizujący z nimi nindzja z Koga, Kemumaki, oraz jego zły pomocnik, cień-kot Kagechiyo.