Podczas wojny grupa wojowników znana jako Ninku walczyła przeciwko Armii Cesarskiej i niemal ją zniszczyła. Ostatecznie jednak Ninku ponieśli klęskę i zostali rozproszeni. Po wojnie Armia Cesarska, dzięki propagandzie, ustanowiła się jako obrońca ludu. Udało im się również przekonać opinię publiczną, że to Ninku byli złoczyńcami, którzy rozpętali konflikt. Fusuke wygląda na dziecko, ale w rzeczywistości był dawnym kapitanem Pierwszej Dywizji Ninku. Jego matka została porwana podczas wojny, a po klęsce Ninku wyrusza w podróż, aby ją odnaleźć. W trakcie podróży spotyka Aicho i Toujiego, również byłych kapitanów Ninku, i wspólnie walczą przeciwko Armii Cesarskiej, która próbuje wyeliminować ostatnich przetrwałych Ninku. Ninku to klan wymarłych ninja władających ezoterycznymi i potężnymi technikami; w związku z tym wiele innych grup nieustannie próbuje skraść te techniki, aby przejąć władzę nad krajem. Głównym celem tych działań jest Fusuke, dziwnie wyglądający chłopiec, który jest jednym z najpotężniejszych ninja Ninku. Fusuke, wraz z innymi ninja Ninku posiadającymi różne specjalizacje, musi stawić czoła zagrożeniom, które doprowadziły do upadku klanu Ninku.