Fabuła Ninku koncentruje się na Fuusuke, dziwnie wyglądającym 12-letnim chłopcu, który jest potężnym wojownikiem wyszkolonym w szkole sztuk walki Ninku, stylu łączącym ninjutsu z karate. Wyjaśniono, że przed obecną linią czasową osoby zdolne do używania Ninku stały się celem złośliwego imperium, co doprowadziło do utworzenia korpusu Ninku w celu walki z tym zagrożeniem. Gdy wojna się zakończyła, Ninku zostali pokonani, a niemal wszyscy z nich zabici, ponieważ uznano ich za bezużytecznych i niebezpiecznych dla władców. Na początku historii, trzy lata później, Fuusuke, młody były kapitan 1. korpusu Ninku i kontroler wiatru, wraz z Hiroyukim, jego wietrznym pingwinem, zaczynają poszukiwać pozostałych kapitanów Ninku, z których każdy potrafi kontrolować różne żywioły. Jednak pojawiła się nowa grupa użytkowników Ninku, która próbuje przejąć władzę nad światem. Fuusuke i jego pingwin muszą pokonać nowe imperium Ninku z pomocą swoich starych towarzyszy.