Codzienne życie Kenjiego Sekiego pozostaje w dużej mierze niezmienione. Każdego ranka wyprowadza swojego psa na plażę, licząc, że zobaczy swoją koleżankę z klasy, Kahori Harukawę, podczas jej sesji surfingu. Następnie spotyka się ze swoją sąsiadką i przyjaciółką z dzieciństwa, Natsuki Suzuura, i razem idą do szkoły. W istocie prowadzi idylliczne życie, w którym jego jedynym zmartwieniem jest wymyślenie, jak w końcu wyznać swoje uczucia Kahori. Monotonność życia Kenjiego zostaje zakłócona przez przybycie tajemniczej uczennicy z innej szkoły. Ryouichi Kyougoku, który twierdzi, że jest medykiem, posiada charyzmę i popularność, o których Kenji zawsze marzył. Wkrótce Kahori zaczyna odczuwać uczucia do Ryouichiego, a Natsuki staje się dystansowana za każdym razem, gdy Kenji próbuje poruszyć temat swoich emocji. Gdy życie Kenjiego popada w chaos, jak obecność Ryouichiego wpłynie na otoczenie? Nerawareta Gakuen śledzi losy tych dawniej typowych uczniów liceum, gdy stają się oni splątani z nadprzyrodzonym.