Dawno temu wszyscy ludzie mieszkali pod wodą. Jednak niektórzy woleli powierzchnię i na stałe porzucili życie podwodne. W rezultacie pozbawiono ich danej przez bogów ochrony zwanej „Ena”, która pozwalała im oddychać pod wodą. Z biegiem czasu przepaść między mieszkańcami morza a tymi z powierzchni pogłębiła się, choć kontakty między tymi dwoma ludami nadal istniały. Nagi no Asu kara opowiada historię Hikariego Sakishimy i Manaki Mukaido wraz z ich przyjaciółmi z dzieciństwa, Chisaki Hiradairą i Kaname Isaki, którzy zostają zmuszeni do opuszczenia morza i uczęszczania do szkoły na powierzchni. Tam grupa poznaje również Tsumugu Kiharę, współucznia i rybaka, który kocha morze. Życie Hikariego i jego przyjaciół ulegnie zmianie, gdy będą musieli zmierzyć się z głęboko zakorzenioną nienawiścią i dyskryminacją między ludźmi morza a ludźmi z powierzchni, burzami w ich osobistych życiach oraz nadciągającą burzą, która może oznaczać zagładę dla wszystkich, którzy mieszkają na powierzchni.