Gdy Młode Mutant Ninja Żółwie zdobywają Mutakamienie od Crys-Mu, ducha światła, zyskują zdolność transformacji w Super Żółwie na okres trzech minut. Tymczasem zły Shredder i jego podwładni Bebop oraz Rocksteady odkrywają Ciemny Mutakamień, który zamienia ich odpowiednio w Diabelskiego Shreddera, Supermutanta Bebopa i Supermutanta Rocksteady. Jednak Żółwie mają jeszcze jeden as w rękawie: wszyscy czterej mogą połączyć się w swoją ostateczną formę – Świętego Żółwia.