Po zniszczycielskim trzęsieniu ziemi i tsunami Yui, uciekająca przed swoim brutalnym mężem, oraz Hiyori, młoda sierota, zostają przyjęte przez dziwną, ale życzliwą staruszkę o imieniu Kiwa w małym miasteczku Kitsunezaki. Nowo utworzona rodzina znajduje schronienie w mayoiga, czyli zaginionej willi, usytuowanej na pięknym przylądku nad morzem. Podczas pomocy w odbudowie Kitsunezaki trójka przyzwyczaja się do nowego życia i nadprzyrodzonego domu, powoli gojąc rany przeszłości. Kiwa opowiada Yui i Hiyori lokalne legendy – od zmieniającej kształt lisicy, która kiedyś błąkała się po górach, przez demona Agame, aż po morskiego węża, który kiedyś terrorizował mieszkańców, żerując na ich smutku i strachu, dopóki nie zamknęli węża i pazurów demona w podwodnej jaskini. Gdy jednak w okolicy zaczynają dziać się tajemnicze i złowrogie wydarzenia, trójka boi się najgorszego. Czy trzęsienie ziemi uwolniło ponownie Agame i morskiego węża? Kiwa, Yui i Hiyori łączą siły z wesołą grupą duchów rzecznych kappa, odważnym domowym duchem zashiki warashi oraz latającymi posągami strażników Jizou, aby uratować swoją nową rodzinę i dom oraz na zawsze wypędzić Agame i węża. Dom zaginionych na przylądku to ciepła opowieść o sile rodziny i przyjaźni w obliczu sił naturalnych i mitycznych.