Gdy Kanako Miyamae przeniosła się do nowej szkoły dla dziewcząt, liczyła na znalezienie prawdziwej miłości. Zamiast tego spotkała piękną Mariya Shidou, urokliwą koleżankę z klasy, którą poznała w pierwszy dzień nauki. Jednak Mariya ma jedną wadę: w rzeczywistości jest chłopakiem przebranym za dziewczynę! Po odkryciu tajemnicy Mariyi i zostaniu jego współlokatorką, życie Kanako zamieniło się w serię nieszczęść. Wszystko, czego pragnie, to znalezienie dziewczyny swoich marzeń, co jest trudne ze względu na ingerencje sadyckiej Mariyi oraz jej ostrych słów służącej, Matsuriki Shinouji. Maria†Holic Alive kontynuuje historię Kanako, gdy radzi sobie z byciem współlokatorką Mariyi i dąży do znalezienia prawdziwej miłości, jednocześnie znosząc samą szkołę średnią.