Hazuki Kagimura to nieśmiała dziewczyna bez przyjaciół; niedawno adoptowana, ma również trudności z nawiązaniem kontaktu ze swoją nową rodziną. Jej jedynym schronieniem przed bolesną rzeczywistością są strony książek, gdzie jej żywa wyobraźnia pozwala jej spełniać marzenia o przyjaźni i przygodzie. Pewnego dnia w jej plecaku pojawia się stary, tajemniczy tekst. W drodze powrotnej do biblioteki, aby go zwrócić, Hazuki widzi znajomą dziewczynę, która wydaje się być niewidzialna dla wszystkich oprócz niej. Decydując się ją podążać, Hazuki zostaje poprowadzona do ukrytej biblioteki, gdzie czeka na nią świat, który myślała, że istnieje tylko w jej snach. Märchen Mädchen opowiada historię spotkania Hazuki z Shizuką Tsuchimikado, jej pierwszym przyjacielem, oraz odkrycia, że została wybrana przez oryginalne wydanie Kopciuszka, aby stać się potężną magiem znaną jako Mistrzyni Źródła. Hazuki zapisuje się do Akademii Magii Dziewcząt Kuzunoha, gdzie uczy się pokonywać swoje lęki i wierzyć w swoją zdolność do tworzenia własnej, niesamowitej historii.