Codziennie Aya Asagiri rozważa samobójstwo. Jest nieustannie prześladowana w szkole, a w domu jej starszy brat, Kaname, stosuje wobec niej przemoc fizyczną, aby radzić sobie z presją akademicką, jaką wywiera na nich ojciec. Jednej nocy, leżąc bezsenne i pragnąc śmierci, na jej laptopie pojawia się tajemnicza strona internetowa o nazwie Magical Girl Site, która obiecuje przyznać jej magiczne moce. Początkowo odcina się od niej, traktując jako przerażający żart, ale gdy następnego dnia znajduje magiczną pistolet w swojej szafce na buty, nie wie, co ma myśleć. Decydując się zabrać go ze sobą, wkrótce ponownie napotyka swoich prześladowców. Ale tym razem, desperacko szukając czegokolwiek, co ją uratuje, używa pistoletu – a jej napastnicy zostają przeniesieni na pobliski przejazd kolejowy, gdzie zostają nadjechani przez pociąg. Sumienie Aya nie może pogodzić się z faktem, że zamordowała dwie koleżanki z klasy za pomocą magii, i desperacko próbuje zrozumieć sytuację. Jednak gdy ponownie znajdzie się w kłopotach, zostaje uratowana przez Tsuyuno Yatsumura, koleżankę z klasy, która potrafi używać magii, by zatrzymać czas. Ta para ma wiele spraw do załatwienia: nie tylko muszą walczyć wraz z innymi dziewczętami magicznymi oraz przeciwko nim, ale także muszą odkryć prawdę za stroną internetową i apokaliptycznym wydarzeniem znanym jako "The Tempest", które wkrótce nastąpi.