Jak ten młody chłopiec stał się notorycznym dżentelmenem złodziejem „Lupinem III”? Lupin Zero, luźno oparty na postaci Young Lupin III z oryginalnej mangi, przedstawia nostalgiczną, a jednocześnie całkowicie nową, oryginalną historię, w końcu odsłaniając skromne początki Lupina III. Akcja anime rozgrywa się w epoce, w której po raz pierwszy ukazała się oryginalna seria, i przedstawia młodego Lupina III włóczącego się po ulicach Japonii lat 60. XX wieku w okresie gospodarczego boomu. Młody chłopiec wdrapuje się po schodach do zbrodniczego życia. Co on myślał i jakie kroki podjął? To nieopowiadana historia pochodzenia największego złodzieja na świecie.