Akcja rozgrywa się w zniszczonej wojną alternatywnej wersji 1914 roku. Leviathan opowiada historię Aleka, uciekającego księcia Austro-Węgier, oraz Deryn Sharp, odważnej młodej dziewczyny przebranej za chłopaka, aby służyć w Brytyjskich Siłach Powietrznych. Gdy los łączy ich na pokładzie HMS Leviathan, olbrzymiego, żywego statku powietrznego zbudowanego z genetycznie zmodyfikowanych stworzeń, wyruszają w przygodę, która zmieni świat i postawi pod wątpliwość wszystko, co wiedzą o wojnie, lojalności i tożsamości.