Lamune opowiada historię chłopca o imieniu Kenji i jego przyjaciółki z dzieciństwa, Nanami. Choć wszystkim wydaje się, że są w związku, żaden z nich nie chce przekroczyć granicy bliskiej przyjaźni. Fabuła wykorzystuje retrospekcje, aby wyjaśnić, dlaczego są tak blisko, pokazując, że ich działania nie oddalają ich od siebie, lecz raczej zbliżają.