W futurystycznym społeczeństwie Japonia ustanowiła złożony system znany jako "Czerwone Wątki Nauki", mający na celu promowanie udanych małżeństw i radzenie sobie z spadającymi wskaźnikami urodzeń. Na podstawie obliczeń kompatybilności rząd przydziela partnerów małżeńskich młodym ludziom w wieku 16 lat, a ci, którzy sprzeciwiają się temu przydziałowi, stają się ofiarami poważnych konsekwencji. Dla Yukari Nejimy, nastolatka uważającego się za przeciętnego we wszystkich aspektach, ten system może oznaczać jego najlepszą szansę na spełnione życie. Jednakże, pędzony przez swoją fascynację koleżanką z klasy i dawnej miłością, Misaki Takasaki, Yukari sprzeciwia się systemowi i wyznaje jej miłość. Po początkowym wahaniu Misaki odwzajemnia jego uczucia w momencie namiętności. Niestety, zanim para może pogłębić swoją relację, Yukari otrzymuje powiadomienie o małżeństwie. Zostaje wtedy wciągnięty w mylącą sieć miłości i kłamstw, gdy jego nieentuzjastyczna przydzielona partnerka, Ririna Sanada, zaczyna fascynować się jego nielegalnym romansem.