Pięć wieków później Shinichi Kakimoto znajduje się na szkolnej wycieczce do Nary, dawnego japońskiego stolicy, która jest teraz przedstawiana za pomocą symulacji AI Himiko, pierwszej udokumentowanej władczyni Japonii. W pośpiechu, by uniknąć żarłocznych jeleni, Shinichi oddziela się od swoich klasowych kolegów i spotyka Toto, dziwną dziewczynę, która twierdzi, że nigdy nie wychodziła na zewnątrz. Gdy para błądzi po mieście, nawiązują więź, która zostaje poddana próbie, gdy wrogie prześladowcy zaczynają polować na Toto.