Mimo że życie na Wyspach Przeznaczenia jest komfortowe i bezproblemowe, trzech przyjaciół — Sora, Riku i Kairi — pragnie odkryć wiele światów, które się za nimi kryją. Pewnego przeznaczonego wieczoru ich życzenie spełnia się szybciej, niż oczekiwano, gdy ciemne siły znane jako "Heartless" atakują ich wyspę. Przeciążone przez te stworzenia, wyspy zostają pochłonięte przez ciemność, zabierając ze sobą Riku i Kairi. Jednak zanim Sora podda się ciemności, w jego dłoniach pojawia się miecz światła: "Keyblade", który nadaje mu moc pokonania Heartless. Tymczasem w świecie Disneya mieszkańcy są w panice z powodu zniknięcia ich króla, Myszki Miki. Zostawiając tylko notatkę, Miki wyjaśnia, że udał się, aby zbadać nadchodzące niebezpieczeństwo zagrażające wszystkim znanym światom. Co więcej, poleca swoim asystentom, Kaczorowi Donaldowi i Goofyemu, aby szukali tego, kto nosi "klucz"; tego, kto może ich uratować od kryzysu. W ten sposób para wyrusza w swoją podróż, a pierwszym przystankiem jest Miasto Przeznaczenia. Sora budzi się w tym samym mieście, tylko aby znaleźć je zarażone przez Heartless. Chociaż znalezienie swoich przyjaciół jest jego głównym priorytetem, jako nosiciel Keyblade, musi przyjąć wielkie przeznaczenie, które mu przypada; wiele więcej światów zostało zaatakowanych, a on i Keyblade są jedyną nadzieją na ich wyzwolenie.