Pokój w końcu powrócił do Akademii Honnouji, a teraz, gdy ta wyjątkowa szkoła średnia wypełniła swój pierwotny cel, planuje zamknięcie w ciągu miesiąca. Jednak pozostało jeszcze jedno ostatnie wydarzenie: ceremonia uroczystego pożegnania absolwentów. Gdy każdy członek samorządu uczniowskiego przygotowuje się do zostawienia przeszłości za sobą i skupienia na przyszłych aspiracjach, Satsuki Kiryuuin z trudem znajduje swoją drogę, tracąc determinację po ostatecznym odniesieniu zwycięstwa. Ale tuż przed tym, jak ma wygłosić przemówienie do społeczności szkolnej, ceremonię zakłócają tajemnicze istoty identyczne z członkami samorządu. Gdy Ryuuko Matoi i Elitarna Czwórka przygotowują się do walki po raz kolejny, szybko odkrywają, że za wszystkim stoi stary wróg, który powrócił, aby zemścić się.