Rok 2004 n.e., chaos wybuchnie, gdy tajemnicza rasa obcych przypominających żaby wypełni niebo UFO – przynajmniej tak marzy 12-letni Fuyuki Hinata. Zbiegkiem okoliczności, sierżant Keroro, dowódca oddziału wstępnego inwazji Keronian na Pekopon – obcą nazwę Ziemi – rozpoczyna swoją misję, inwigilując dom Fuyukiego. Po podporządkowaniu chłopca i jego siostry, Keroro planuje ponownie połączyć się ze swoimi towarzyszami i wrócić na macierzysty statek, aby naprawić swój nieoceniony urządzenie inwazyjne, Kero Ball. Niestety, otrzymuje wiadomość, że dowództwo zrezygnowało z odzyskania jego jednostki z powodu bezprecedensowego problemu, który zmusił resztę Keronian do ucieczki. W rezultacie Keroro jest zmuszony pozostać w rezydencji Hinata wraz z przyjaznym, pełnym marzeń Fuyukim; jego sportową, krótko temperowaną siostrą Natsumi; oraz ich pracowitą, atrakcyjną matką Aki. Teraz, uwięzieni do dalszej decyzji, Keroro i jego pluton spędzają każdy dzień na planowaniu podboju świata, ale są za każdym razem pokonywani przez różne nieoczekiwane czynniki. Mimo to, żyjąc obok ludzi, uczą się traktować ich jako przyjaciół i sojuszników, tworząc komediowe, ale znaczące relacje, które czynią ich życie na Ziemi wartym.