Sierżant Keroro pełni funkcję kapitana Specjalnej Zespołu Zaawansowanego Sił Inwazyjnych Kosmicznych z 58. Planety w Systemie Gammowej Chmury Burzowej. Został wysłany na planetę Pokopen (znana również jako Ziemia), aby zbierać informacje dla sił inwazyjnych swojej planety. Jest też żabą. Po tym, jak jego statek rozbił się na Ziemi, szuka schronienia w domu rodziny Hinata, ale dwoje dzieci, Fuyuki i Natsume, znajdują go i konfiskują jego obce broń. Gdy jego ludzie dowiadują się, że mieszkańcy Pokopena są świadomi jego obecności, Keroro zostaje porzucony – musi radzić sobie sam w tym wrogo nastawionym świecie. Jednak nie jest sam; czterech innych agentów przedinwazyjnych również ukrywa się na Ziemi.