Jubei Kibagami włóczy się po feudalnej Japonii jako wolny strzelec. Po zdradzie z przeszłości, która pozbawiła go pana, stracił wszelką cierpliwość do walczących frakcji politycznych i ich intryg. Niestety, jego przeszłość i polityczne intrygi zbiegają się, gdy spotyka i ratuje żeńską ninja o imieniu Kagero przed mężczyzną, który potrafi utwardzić swoje ciało do kamienia. Jako jedyna przeżyła swojej klanu ninja, Kagero upiera się przy ostatnim zadaniu swojego zespołu: zbadaniu tajemniczej zarazy, która wybiła całą wieś. Jubei nie zamierza mieć z tym nic wspólnego, ale sojusznicy mężczyzny z kamienną skórą, grupa ninja o nadprzyrodzonych zdolnościach znana jako Diabły Kimon, utrudniają mu ten wybór. Aby jeszcze bardziej skomplikować sprawę, szpieg rządowy zatruwa Jubeiego, obiecując antidotum tylko pod warunkiem, że odkryje prawdziwe intencje Diabłów Kimon i ich związek z zarazą. Śledztwo prowadzi do mrocznych przywódców, spisku obalenia rządu i mężczyzny, którego Jubei uważał, że już nigdy więcej nie spotka.