Uczeń szkoły średniej Misaki Takahashi wraca do domu, by zastać swojego starszego brata, którego pieści nieznajomy. Zdezorientowany tą sceną, Misaki dowiaduje się, że mężczyzną tym jest Akihiko Usami, znany powieściopisarz i najlepszy przyjaciel jego brata. Gdy obaj stopniowo się poznają, Akihiko zostaje prywatnym nauczycielem Misakiego. Jednak po odkryciu najnowszej powieści boys-love autora, Misaki zaczyna wątpić, czy może ufać Akihiko w kwestii jego przyjaźni z bratem ucznia. Tymczasem Hiroki Kamijou, profesor literatury klasycznej na uniwersytecie i przyjaciel Akihiko, żałuje po nieudanym romansie. Stojąc na krawędzi załamania nerwowego, spotyka studenta Nowakiego Kusamę, który prosi go o pomoc w nadchodzącym egzaminie. Mimo że Hiroki wielokrotnie odmawia prośbom Nowakiego, ostatecznie zgadza się mu pomóc. Gdy obaj zbliżają się do siebie, ujawniają się dalsze szczegóły dotyczące studenta. Dodatkowo, gdy zamożny nastolatek Shinobu Takatsuki odkrywa, że jego starsza siostra rozwiodła się z współpracownikiem Hirokiego, You Miyagi, natychmiast chce się z tym mężczyzną umawiać, ponieważ You uratował Shinobu przed rabunkiem trzy lata wcześniej. Mimo to You nie odwzajemnia tych uczuć i próbuje go odstraszyć. Jednak nauczyciel szybko zdaje sobie sprawę, że Shinobu zrobi wszystko dla ich przeznaczonego romansu. Junjou Romantica zbiera trzy historie miłosne, opowiadając o romansie każdej pary.