Bohaterem tytułowym jest naiwny młody ninja z prowincji Iga o imieniu Kagemaro (co oznacza „absolutny cień”), który używa pseudonimu Kabamaru („paszcza hipopotama”) ze względu na swoje nieograniczone apetyty. Po śmierci swojego sztywnego dziadka i instruktora ninja, Kabamaru przeprowadza się do Tokio wraz z jednym z kontaktów dziadka. Historia koncentruje się głównie na adaptacji Kabamaru do życia miejskiego po dorastaniu w górach, a także na jego uwikłaniu w rywalizację między dwiema szkołami prywatnymi.