Path of the Assassin opowiada historię Hattori Hanzou, legendarnego mistrza ninja powołanego do ochrony Tokugawy Ieyasu, który ostatecznie został shogunem i zjednoczył Japonię. Twórcy poetycko opisują narrację jako „przyjaciół na całe życie, z tymi samymi marzeniami, dążących do wzrostu jak rosnąca rzeka”.