Ci, którzy otrzymują Objawienie Babel, muszą stawić czoła wielu walkom i próbom. Chwytając za rękę swojego specjalnego partnera, ci "Hand Shakers" przenoszą się do krainy Ziggurat, alternatywnej wymiaru, w którym czas przestaje istnieć. Każda para Hand Shakers musi walczyć o prawo do spotkania z Bogiem, który nagrodzi ich spełnieniem jednego życzenia. Tazuna Takatsuki, uczeń szkoły średniej z zamiłowaniem do naprawiania rzeczy, jest jednym z tych Hand Shakers. Po otrzymaniu prośby o naprawy od profesora Makihary z pobliskiego uniwersytetu, Tazuna natrafia na Koyori Akutagawę, dziewczynę przywiązaną do łóżka, która przypomina mu jego zmarłą siostrę Musubu. Wspominając jej umierające życzenie, by nigdy nie puszczać jej ręki, Tazuna chwyta za rękę Koyori i budzi swoją moc jako Hand Shaker. Jednak życie Koyori jest bezpośrednio związane z jej statusem jako Hand Shaker, co oznacza, że jeśli Tazuna kiedykolwiek puści jej rękę, ona umrze. Mając spotkanie z Bogiem jako jedyną nadzieję na uratowanie jej, dwójka ta musi znaleźć sposób, aby ich unikalne moce się połączyły, pokonać przeciwnych Hand Shakers i spełnić swoje życzenie.