Pobity i pozostawiony na śmierć, Ryuunosuke Ibuki zostaje pozbawiony wszystkiego, co posiada. Świadkiem jego żałosnego stanu jest mężczyzna o nazwisku Kamo Serizawa, który daje mu drugą szansę i oferuje stanowisko osobistego asystenta. Choć Ibuki wydaje się uratowany przez żałobę, to nowe życie redukuje go do roli niczego więcej niż psa jednego z najbardziej wpływowych ludzi w Kioto. Tymczasem, gdy ataki roninów na ogół społeczeństwa się nasilają, shogunat wysyła Roshigumi do Kioto, aby przywrócić pokój. Pod dowództwem honorowego, lecz cichego Isami Kondou, Roshigumi składa się z silnych i zręcznych samurajów, ale brakuje im politycznych powiązań niezbędnych do założenia podstaw w zdominowanej przez przestępczość mieście. Nie mając innego wyboru, Kondou zawiera sojusz z aroganckim Serizawą i jego siecią w zamian za ich bojowe umiejętności. Mimo że nienawidzi wszystkiego, co reprezentują samuraje, Ibuki zostaje uwikłany w sprawy Roshigumi. Jednak dzięki interakcjom z członkami pod przywództwem Kondou, Ibuki stopniowo dochodzi do wniosku, że nie wszyscy samuraje są tak okrutni i bez honoru, jak wcześniej sądził. Hakuouki Reimeiroku bada wczesny okres poprzedzający powstanie Shinsengumi, gdy napięcie polityczne w Kioto napędza niestabilność i niepewność.