Grisaia no Rakuen kontynuuje bezpośrednio tam, gdzie zakończyła się poprzednia część, Grisaia no Meikyuu. Kazami Yuuji zostaje aresztowany pod zarzutem terroryzmu. Pojawia się nagranie, które wydaje się dostarczać solidnych dowodów na to, że Yuuji popełnił te czyny, i zostaje on zatrzymany przez Ichigayę. Ichigaya jest w pełni świadoma, że Yuuji nie popełnił przestępstw, o które jest oskarżony. Jednakże nie zabił Heatha Oslo, przywódcy organizacji terrorystycznej posiadającej niezwykle niszczycielską broń. W rzeczywistości Ichigaya ma własne plany wobec Yuujiego... Jednakże nie wszystko może być stracone dla Yuujiego. Dziewczyny z Akademii Mihama nie zamierzają pozwolić, by Yuuji został wykorzystany dla zysku politycznego, a może też tajemnicza nowa postać, która pojawia się przed nimi.