Kanenone Gakuen to żeńska szkoła z internatem położona na japońskiej prowincji. Choć sama w sobie szkoła tylko dla chłopców nie jest niczym niezwykłym, życie może stać się dość trudne, gdy w okolicy nie ma żadnych uczennic. Aby wesprzeć dobrostan psychiczny wszystkich zainteresowanych, zarząd szkoły postanowił spróbować scalenia z najbliższą żeńską szkołą z internatem, aby stać się szkołą mieszana. Chłopcy z Kanenone są bardziej niż podekscytowani tą perspektywą, a dziewczęta są ciekawe, jak interesujące mogłoby stać się szkolne życie z większą liczbą chłopców. Zanim podejmie się poważne decyzje, dziewczęta zostały zaproszone do pobytu w Kanenone przez jeden miesiąc jako próba. Green Green śledzi losy Yuusuke Takazaki i jego psotnych współlokatorów, znanych jako Trio Baka (Idiotów), oraz ich zdolność do rozmowy z dziewczętami bez całkowitego wystawiania siebie na pośmiewisko. Jednak gdy tylko przyjeżdża autobus szkolny z dziewczętami, sytuacja staje się dziwna, hormonalna i histeryczna. W szczególności dziewczyna o imieniu Midori Chitose wyskakuje z autobusu i natychmiast obejmuje bardzo zdezorientowanego Yuusuke. Czy jest naturalnym uwodzicielem, czy też oni dwaj dzielą historię, o której on nie ma pojęcia?