Podróżnicy w czasie z XXII wieku wracają do współczesnej Japonii, aby ostrzec świat, że Godzilla wkrótce powróci, a jego rzeź będzie tak zniszczycielska, że kraj nigdy się nie podniesie. Przy pomocy pisarza literatury faktu, który poprawnie wydedukował prawdziwe pochodzenie Godzilli, ludzie z przyszłości proponują cofnięcie się w czasie, aby zapobiec narodzinom Godzilli. Jednak gdy wracają do teraźniejszości, odkrywają, że Godzilla został zastąpiony przez jeszcze większe zagrożenie: trójgłowego demona Kinga Ghidorah! Jak świat może przetrwać bez Króla Potworów, który mógłby stawić czoła temu nowemu terrorowi?