Po zamachu terrorystycznym, w którym ginie jego jedyna córka, wybitny bio-genetyk profesor Shinigami łączy jej komórki z komórkami jej ulubionej róży. Gdy trzęsienie ziemi niemal niszczy kwiat, wprowadza do niego również komórki Godzilli — zebrane przez japoński rząd w celu badań po ostatnim rajdzie Króla Potworów na Japonię — aby nadać roślinie nieśmiertelność. Ci sami terroryści dążą do zdobycia komórek G i grożą ponownym uwolnieniem Godzilli, jeśli rząd japoński nie spełni ich żądań. Wkrótce Godzilla powraca i zmierza w stronę zmodyfikowanej genetycznie rośliny, która zmutowała w kolosalny potwór znany jako Biollante!