Mikan Sakura i Hotaru Imai są nierozłącznymi najlepszymi przyjaciółkami, choć wydaje się, że druga nie odczuwa tych samych uczuć. Mikan naiwnie zakłada, że jej obojętna przyjaciółka zawsze będzie przy jej boku, dopóki Hotaru nie postanawia wyjechać do Tokio, aby uczęszczać do Akademii Alice. Szkoła przyjmuje utalentowane dzieci posiadające unikalne zdolności zwane Alicjami. Złamana sercem i czująca się porzucona, Mikan ucieka z domu, aby dogonić swoją przyjaciółkę, licząc, że sama też zostanie przyjęta do tej prestiżowej instytucji. Po przyjęciu Mikan jako uczennicy Akademii Alice i ponownym spotkaniu z przyjaciółką, szybko odkrywa, że szkoła to nie tylko zabawa. Akademia opiera się na systemie hierarchicznym opartym na sile Alicji, zachowaniu i wynikach naukowych, a także klasyfikuje każdego ucznia w ramach określonej podgrupy Alicji w celu bardziej spersonalizowanej edukacji. Trafiając na najniższy szczebel, Mikan staje się celem prześladowań ze strony klas matek, które uważają, że nie należy ona do tej społeczności. Natsume Hyuuga, jedna z najwyżej postawionych uczennic akademii, okazuje jej szczególną wrogość, pozornie bez powodu. Uczniowie zaczynają odkrywać, że specjalna akademia strzeże ukrytych tajemnic – wiele z nich jest znacznie mroczniejszych, niż można by przypuszczać. Gdy rozwikłują te zagadki, Mikan i jej przyjaciele okazują się splątani w coś znacznie większego, niż mogli sobie wyobrazić.