Akcja rozgrywa się na Iwado, odizolowanej wyspie w Okinawie, gdzie zyskuje na sile ruch na rzecz samorządu. Ao Fukai, 12-letni chłopiec, którego ojciec zaginął, mieszka na wyspie ze starszym lekarzem o imieniu Toshio i przygotowuje się do rozpoczęcia nauki w szkole średniej. Dziesięć lat wcześniej matkę Ao porwali nieznani sprawcy. Naru Arata, bohaterka opowieści i 12-letnia przyjaciółka z dzieciństwa Ao, mieszka z ojcem, starszą siostrą i babcią. Posiada moc „Yuta”, która obudziła się w niej po incydencie z jej młodości. Tajemnicza istota znana jako „Secret” nagle pojawia się i atakuje organizm Scub Coral na wyspie. Pchnięty gorącym pragnieniem ochrony wyspy, Ao steruje konkretnym wojskowym FP o nazwie „Nirvash”, dostarczonym przez japońską armię.