Shiki Granbell posiada teraz Edens Zero i zebrał Cztery Świecące Gwiazdy. Dzięki pomocy nowych przyjaciół Shiki będzie w stanie przebić się przez Dragonfall – granicę Kosmosu Sakura, która jest pełna mechanicznych smoków. Po osiągnięciu tego celu, będzie mógł kontynuować swoją podróż w poszukiwaniu bogini Mother. Zanim załoga Edens Zero będzie mogła kontynuować swoją podróż, zauważają tajemniczy statek wojenny, który ich śledzi. Po dowiedzeniu się, że statek – Belial Gore – należy do Drakkena Joe, Shiki i jego załoga próbują się na niego włamać, chcąc zrozumieć, dlaczego Ciemny Alchemik ich ściga. W trakcie tej akcji Edens Zero zostaje porwany przez podwładnych Drakkena. Mimo trudnej sytuacji, Shiki odmawia poddania się. Współpracując ze swoimi przyjaciółmi, Shiki będzie musiał pokonać Ciemnego Alchemika, jeśli chce przeżyć i wydostać się z Belial Gore.