Akcja rozgrywa się w 2055 roku, cztery lata po wydarzeniach z Danball Senki W. LBX ewoluowały w najważniejsze hobby na świecie. Scena jest teraz na tyle duża, że obsługuje profesjonalne ligi, pozwalając osobom na zarabianie całego utrzymania jako zawodowi gracze LBX. Czternastoletni Arata przybywa jako nowy uczeń w Akademii Kamui Daimon Integrated, położonej na Wyspie Kamui niedaleko Japonii. Jako najbardziej prestiżowa globalna instytucja szkoleniowa dla graczy i mechaników LBX, akademia wymaga wyjątkowo rywalizującego kryterium przyjęcia: kandydaci muszą być mistrzami co najmniej trzech oficjalnych turniejów. Razem ze swoimi członkami plutonu Arata mierzy się z rywalami i odkrywa sekryty ukryte wewnątrz akademii.