Niewinna 16-letnia Honey Kisaragi właśnie przeniosła się do katolickiej szkoły dla dziewcząt, gdzie podbija serca wszystkich wokół, w tym nauczycieli i swojej nowej najlepszej przyjaciółki, Natsuko Aki. Tej samej nocy Honey słyszy, jak jej ojciec, słynny naukowiec dr Kisaragi, woła o pomoc. Podążając w jego stronę, odkrywa, że potrafi magicznie zmieniać swoje ubrania w różne kostiumy. Jednak w domu znajduje umierającego ojca w ramionach reportera o imieniu Seiji Hayami, który wcześniej przeprowadzał z nim wywiad. Dzięki robotowi ojca Honey dowiaduje się, że w rzeczywistości nie jest człowiekiem; jest specjalnym androidem o nazwie „Cutie Honey”, wyposażonym w innowacyjną technologię pozwalającą na przybieranie siedmiu różnych form. Ponieważ technologia wewnątrz Honey może przekształcać cząsteczki zawarte w powietrzu w dowolny rodzaj materii, dr Kisaragi stał się celem organizacji o nazwie Panther Claw – grupy podziemnych kobiecych cyborgów, które chciwie pragną wykorzystać tę technologię dla własnych celów. Teraz Honey musi chronić swoją tajną tożsamość i zemścić się za śmierć ojca, stając czoła każdemu wyzwaniu, jakie wyśle jej Panther Claw!