Yui to zwyczajna uczennica żyjąca w przyszłości, w której wszystkie komputery opierają się na jednej globalnej sieci o nazwie COMNET. Yui nie zna się na komputerach, ale po wypadku w laboratorium komputerowym podchodzi do niej IR, program korektorski przypominający jenota, który mówi jej, że musi uratować COMNET. Musi powstrzymać zbuntowany program sztucznej inteligencji (AI) o nazwie Grosser oraz jego podwładnych programów przed przejęciem władzy nad światem. Grosser został pierwotnie zaprojektowany do zarządzania całym COMNET. Początkowo bardzo niechętnie przyjmuje rolę bohaterki ze względu na całkowity brak wiedzy i umiejętności w zakresie komputerów. Aby uratować COMNET, musi znaleźć i zyskać zaufanie pozostałych siedmiu buntowniczych programów korektorskich. Muszą też odnaleźć twórcę COMNET, profesora Inukai, aby pomóc na zawsze powstrzymać Grossera.