COMPILER to historia braci Igarashi, Nachiego i Toshiego, oraz dwóch pięknych kobiet z innego wymiaru, Compiler i Assembler. Początkowo wysłane, by podbić Ziemię za pomocą gry zniszczenia i tworzenia, Compiler i Assembler postanowiły, że życie w naszym świecie jest bardziej zabawne niż jego podbój. Zamieszkały u Nachiego i Toshiego. Między Nachim a Compiler oraz Toshim a Assembler zaczęła rozwijać się relacja, choć żaden z nich nie potrafi tego otwarcie przyznać. Tymczasem ludzie, którzy wysłali Compiler i Assembler, by podbiły Ziemię, byli oburzeni ich pozorną zdradą. Wysłali dwóch zabójców, Bios i Directory, aby rozprawić się z buntowniczkami i kontynuować plan inwazji. I tak zaczynają się ich przygody...