W kolonii na Marsie, w Czwartym Tokio, klasa schroniła najjaśniejsze umysły korporacji Kirishina, która stoi na czele rozwoju lotnictwa kosmicznego: A-TEC. Pod wodzą genialnego inżyniera Kaito Ser zespół z niecierpliwością wyczekuje przybycia swojego najnowszego członka. Wkrótce jednak okazuje się, że nowa uczennica jest daleka od bycia zwyczajną — Nagisa Kiryuu, nowo mianowany szef A-TEC i młodszy brat prezesa korporacji, zostaje wysłany, aby zamknąć ten program. Aby utrzymać klasę przy życiu, Kaito i jego uczniowie desperacko pracują nad stworzeniem następcy ich najpotężniejszej rakiety, X-2; tymczasem Nagisa wspina się po szczeblach korporacyjnej drabiny, dążąc do realizacji własnej misji. Mimo to ich osobiste walki wkrótce ujawniają, że w korporacji Kirishina dzieje się znacznie więcej, niż się wydaje na pierwszy rzut oka. Classroom☆Crisis śledzi losy Kaito i Nagisy, a także młodszej siostry Kaito, Mizuki, oraz pilotki próbnej A-TEC, Iris Shirasaki, w opowieści pełnej intryg, wojny politycznej i, przeciwko wszelkim przewidywaniom, romansu. Gdy Nagisa i A-TEC są coraz bardziej wciągnięci w spiski korporacji Kirishina, przyjaźnie się rozwijają, a przeszłość wychodzi na jaw, podczas gdy walczą, aby uniknąć kryzysu w swojej klasie.