Po podboju galaktyki ludzkość osiągnęła swój szczyt i obecnie znajduje się w nieubłaganym upadku. Zasoby wszechświata wyczerpują się, a około 500 miliardów ludzi zaczyna wracać na Ziemię. To wywołuje wojnę między różnymi ludzkimi frakcjami o kontrolę nad planetą. Ostatecznie autorytarny reżim zwany Gaia Sanction zatrzymuje kolonizację Ziemi. Kapitan Herlock był członkiem Elite Wing, powołanym przez Gaia Sanction do obrony Ziemi. Pod jego dowództwem jego flota była niezwyciężona. Jednak Gaia Sanction zezwala elitarnym dyplomatom na imigrację na Ziemię, co wścieka Herlocka. Zbuntuje się, otwierając ogień zarówno na dyplomatów, jak i na resztę swojej floty. Decyduje się uwolnić ciemną materię na planetę, aby uczynić ją niezdatną do zamieszkania, ale sam zostaje pochłonięty przez nią, co czyni go nieśmiertelnym. Minęło sto lat, a legendarny Kapitan Herlock nadal jest poszukiwany, kontrolując jedynie statek Arcadia. Gaia Sanction kontynuuje swoje plany kontrolowania Ziemi, ukrywając prawdziwy stan planety. Ale Kapitan Herlock przygotowuje się do ostatniej rozgrywki z nimi, która przesądzi o losie świata!