W niedalekiej przyszłości większość Ziemi została zalana przez morze lub zniszczona przez trzęsienia ziemi. W centrum zamieszania znajduje się tajemniczy Orphan. Orphan może, ale nie musi, być pierwotną przyczyną katastrof. Celem Orphana jest wyniesienie statku ukrytego głęboko pod dnem morskim na powierzchnię, co jednak doprowadziłoby do zniszczenia wszystkich ludzi, z wyjątkiem niewielkiej liczby tych, którzy są lojalni wobec Orphana. Agenci Orphana pilotują tajemnicze mechy znane jako Grand Cheres i szukają na świecie tajemniczych, gigantycznych dysków, które od czasu do czasu pojawiają się, lecąc z dużą prędkością i niszcząc wiele terenów wiejskich lub miast, gdy uderzą w ziemię. Po tym, jak umierający dysk niemal zabija Hime, z dysku rodzi się Brain Powerd. Brain Powerdy to inny rodzaj mecha, podobny do Grand Cheres, ale nie identyczny. Hime staje się pilotką Brain Powerda, tworząc symbiotyczną relację z żywym mechem i dołączając do Międzynarodowej Organizacji poświęconej zatrzymaniu Orphana, lub przynajmniej uratowaniu ludzkości, jeśli Orphan odniesie sukces.