Beast Wars Second przedstawia nową obsadę postaci, akcję której rozgrywa się wiele lat w przyszłości, podróżujących na postapokaliptyczną Ziemię, obecnie znaną jako planeta Gaia. Cybertronsi, dowodzeni przez Lio Convoya, zostają wysłani na planetę, aby zbadać niezwykłą zmianę w jej zachowaniu i tym samym powstrzymać Destronów, dowodzonych przez Galvatrona, którzy pragną zużyć bogate źródło energii planety zwane Angolmois.