Baki Hanma stał się zadowolony ze swojego tytułu „Najsilniejszego Chłopca na Świecie”, spędzając dni w mglistym nudy. Po ostatecznym rozstrzygnięciu sporu ze swoim demonicznym ojcem Yuujirou, Baki broni swojego tytułu w Podziemnej Arenie Kourakuen, tłumiąc ziewnięcia wywołane łatwością, z jaką pokonuje swoich wyzwalaczy. Przyjaciele i mentorzy Baki'ego również zmagają się z tym nowym pokojowym stagnacją, wykonując wielkie wyczyny treningu siłowego z małym entuzjazmem. Wkrótce Japonia jest wstrząśnięta ujawnieniem długo dojrzewającego eksperymentu naukowego, który skutkuje udanym sklonowaniem legendarnego samuraja Musashiego Miyamoto. Słynny wojownik czerpie przyjemność z testowania swojej siły przeciwko Bakiemu i innym ikonom walki z Tokio, ale z trudem adaptuje się do współczesnej ery. Miyamoto trzyma się swoich starożytnych ideałów honoru i pojedynków na śmierć i życie, filozofii, która kłóci się z bardziej spokojną teraźniejszością. Gdy wskrzeszony miecznik próbuje awansować na szczyt tej nieznanej mu społeczności, przecinając przyjaciół Baki'ego, znajduje się na kursie kolizyjnym z zemstą nastolatka. Baki przyjmuje ten przypływ emocji i spotyka się z nowym rywalem twarzą w twarz.