Baki Hanma, zadowolony swoim tytułem „Najsilniejszego Chłopca na Świecie”, spędza dni w otępieniu nudów. Po ostatecznym rozstrzygnięciu sporu ze swoim demonicznym ojcem Yuujirou, Baki broni swojego tytułu w Podziemnej Arenie Kourakuen, tłumiąc ziewnięcia wywołane łatwością, z jaką pokonuje swoich wyzwalaczy. Jego przyjaciele i mentorzy również zmagają się z tym nowym, pokojowym stagnacją, wykonując wielkie wyczyny treningu siłowego z małym entuzjazmem. Wkrótce Japonia wstrząsa ujawnienie długo dojrzewającego eksperymentu naukowego, który skutkuje udanym sklonowaniem legendarnego samuraja Musashiego Miyamoto. Słynny wojownik z przyjemnością testuje swoją siłę przeciwko Bakiemu i innym ikonom walki z Tokio, ale z trudem adaptuje się do współczesnej ery. Miyamoto trzyma się swoich starożytnych ideałów honoru i walki na śmierć i życie, filozofii, która kłóci się z bardziej spokojną teraźniejszością. Gdy wskrzeszony miecznik próbuje awansować na szczyt tego nieznanego mu społeczeństwa, przecinając przyjaciół Baki, znajduje się na kursie kolizyjnym z zemstą nastolatka. Baki przyjmuje ten przypływ emocji i mierzy się ze swoim nowym rywalem twarzą w twarz.